Le CEPF offre aux ONG, groupes communautaires, entreprises privées, universités et aux autres organisations de la société civile, la possibilité d'obtenir des financements pour leurs projets à portée environnementale à Madagascar et sur les îles de l'Océan Indien. Ces appels concernent à la fois les demandes de petites et de grandes subventions (plus ou moins de 20 000 USD).